재단과 협약 체결을 맺은 의료기관들은 만성·중증·희귀난치성, 법정전염병질환으로 의료기관에서 진료 받은 북한이탈주민에 대한 의료비 지원과 건강회복을 돕기 위해 상호 협력하게 된다. 협약기관들은 협약 체결 이후부터 전국의 지역적응센터(하나센터)와 북한이탈주민 전문상담사, 의료기관 등을 통해 질병 치료가 필요한 북한이탈주민을 추천받아 의료비 지원대상자를 선정하게 된다.